A légkondicionálónak számos pozitív tulajdonsága mellett sajnos vannak veszélyei is. Vannak olyanok akik alapból érzékenyek rá. Vanakinek kiszárad tőle a szája és/vagy a torka. Egyesek ízületi bántalmakra panaszkodnak tőle. Könnyen meg is lehet fázni, ha nagy a hőmérséklet különbség a kinti és a bentitér között.

Mégis a legnagyobb veszélye a gombásodás.

A hőcserélőn (elpárologtatón) megtelepedő gombák spórái a szervezetünkbe jutva ideális tenyész helyet találnak a tüdőnkben. Igen komoly légúti, akár végzetes problémát is okozhatnak. Ezt megelőzendő évente minimum egy alkalommal, lehetőleg a klímás időszak előtt, ki kell tisztítani speciális eljárással. Ezt el lehet végezni házilag is, de a kiskereskedelmi forgalomban elérhető termékek nem hozzák meg a várt hatást. A klíma szakszervizek nagyobb szakértelemmel és biztosabban el tudják végezni a mentesítést.